小兰的母亲妃英理、目暮警官、阿笠博士等人，皆无故遭到神秘人士的暗杀，一连串的事件正陆续发生。奇怪的是，每个受害人似乎都 与毛利小五郎有某种程度上的关联，而每一个凶案现场都遗留着诡异的扑克牌，到底其中的数字代表着什么涵义…

　　连续两位东京警视厅的现任刑事惨遭杀害，而遇害的两位刑事都手握警察手册气绝身亡。 这意味着甚么？是对付警察的恐怖行为、或是过激派的暴行？警视厅正对此凶杀案件有关的人事物及警察组织内部着手进行搜查。 而巨大组织的内部秘密却如高墙般不可窥探…

　　东京·米花市·米花市政大楼。这里正在举行，能够一举改变全世界游戏业界价值观的模拟游戏‘茧’的发表会。结合了最先进技术的‘茧’，其游戏方式是先进入一部外型酷似蚕茧的大型胶囊，透过电脑的操作让游戏者沉睡于历史上曾经发生过事件的时代……

　一幕精心设计的杀人剧码就在大家面前实际上演了，柯南一方面必须保护宝石，另一方面又不能拆穿基德假扮的工藤新一，因为拆穿基德就等于公开自己身体缩小的秘密。柯南只好盯紧假的工藤新一，一刻都不能松懈…